理由及依据：

虽然新《医疗机构管理条例》删除了原条例第五十四条“本条例由国务院卫生行政部门负责解释。”，但同时也明确规定了“国务院卫生行政部门负责全国医疗机构的监督管理工作。”，因此依据《全国人民代表大会常务委员会关于加强法律解释工作的决议》《国务院办公厅关于行政法规解释权限和程序问题的通知》《行政法规制定程序条例》等法规规定，除《行政法规制定程序条例》明确规定的两种法定情形（行政法规的规定需要进一步明确具体含义的；行政法规制定后出现新的情况，需要明确适用行政法规依据的。）外，国家卫生健康行政部门作为国务院主管部门，仍然依法对《医疗机构管理条例》具体适用等问题具有相应解释权。原来针对修改前的《医疗机构管理条例》相关解释（批复）在没有明文废止和与新条例不存在冲突情况下仍然有效。

《医疗机构管理条例》第五条　国务院卫生行政部门负责全国医疗机构的监督管理工作。

《全国人民代表大会常务委员会关于加强法律解释工作的决议》

三、不属于审判和检察工作中的其他法律、法令如何具体应用的问题，由国务院及主管部门进行解释。

《国务院办公厅关于行政法规解释权限和程序问题的通知》

一、凡属于行政法规条文本身需要进一步明确界限或者作补充规定的问题，由国务院作出解释。这类立法性的解释，由国务院法制办公室按照行政法规草案审查程序提出意见，报国务院同意后，根据不同情况，由国务院发布或者由国务院授权有关行政主管部门发布。

二、凡属于行政工作中具体应用行政法规的问题，有关行政主管部门在职权范围内能够解释的，由其负责解释;有关行政主管部门解释有困难或者其他有关部门对其作出的解释有不同意见，要求国务院解释的，由国务院法制办公室承办，作出解释，其中涉及重大问题的，由国务院法制办公室提出意见，报国务院同意后作出解释，答复有关行政主管部门，同时抄送其他有关部门。

《行政法规制定程序条例》

第三十一条　行政法规有下列情形之一的，由国务院解释：

(一) 行政法规的规定需要进一步明确具体含义的；

(二) 行政法规制定后出现新的情况，需要明确适用行政法规依据的。

国务院法制机构研究拟订行政法规解释草案，报国务院同意后，由国务院公布或者由国务院授权国务院有关部门公布。

行政法规的解释与行政法规具有同等效力。